Universitas Pekalongan tumbuh sebagai peningkatan dari Sekolah Tinggi Ekonomi yang lebih dahulu dibuka secara resmi tanggal 5 September 1981.
Pada tahun 1982 Universitas Pekalongan memiliki tiga fakultas yaitu Fakultas Ekonomi (sebagai peleburan dari Sekolah Tinggi Ekonomi itu‑sendiri), Fakultas Hukum dan Fakultas Perikanan dengan mendapat pengesahan status Terdaftar dengan Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 03989/0/1983 yang kemudian diperbarui dengan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 0386/0/1986 tentang penetapan kembali penyusunan jalur, jenjang dan program pendidikan serta nama unit/fakultas/jurusan program studi status terdaftar pada Perguruan Tinggi Swasta di lingkungan koordinasi Perguruan Tinggi Swasta Wilayah VI.
Atas berbagai pertimbangan dan saran dari berbagai pihak, pada tahun 1984 Universitas Pekalongan menambah satu fakultas lagi yaitu Fakultas Pertanian, yang kemudian mendapat pengesahan status Terdaftar dengan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 0828/0/1986.
Dengan statusnya ini Universitas Pekalongan berhak menyelenggarakan Ujian Negara di Fakultas masing‑masing dengan komposisi penguji sebanyak 50% dari Universitas Pekalongan dan 50% penguji negara (dosen negeri).
- Pada tanggal 19 Agustus 1994 Fakultas Ekonomi memperoleh kenaikan status dari status Terdaftar menjadi status Diakui dengan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 235/DIKTI/Kep./1994 tentang Pemberian Status Diakui kepada Jurusan Manajemen Program Studi Manajemen untuk Jenjang Program S1 pada Fakultas Ekonomi di lingkungan Universitas Pekalongan di Pekalongan.
- Pada tanggal 19 Agustus 1996 Fakultas Hukurn memperoleh Kenaikan Status, dari Status Terdaftar menjadi Status Diakui berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 430/DIKTI/Kep/1996 tentang Pemberian Status Diakui kepada Jurusan/Program Studi Ilmu Hukum di lingkungan Universitas.
- Pada tanggal 22 Desember 1998 Fakultas Ekonomi dan Fakultas Hukum mendapat Status Akreditasi dari BAN‑PT (Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi) dengan nilai B.
- Tanggal 15 Desember 2003 Fakultas Pertanian Program Studi Agronomi Terakreditasi dengan nilai B.
- Tanggal 15 Desember 2000 Fakultas Perikanan Program Studi Budidaya Perairan Terakreditasi dengan nilai B.
- Program Studi Kesehatan Masyarakat (Sl) didirikan berdasarkan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikian Nasional Republik Indonesia Nomor : 1996/D/T/2005 tanggal 26 Juni 2005. Dengan dasar tersebut maka Program Studi Kesehatan Masyarakat (PSKM) pada Fakultas Ilmu Kesehatan Universitas Pekalongan mempunyai kewenangan dalam mendidik para mahasiswa menjadi Sarjana Kesehatan Masyarakat.
- Terakhir, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan didirikan pada tanggal 15 Mei 2008. status akreditasi: masih diperjuangkan.
